Общая протяжённость всех водотоков на территории Санкт-Петербурга достигает 282 км, а их водная поверхность составляет около 7 % всей площади города. Основная водная магистраль города — река Нева, которая впадает в Невскую губу Финского залива, относящегося к Балтийскому морю.
В черте города есть множество (в сумме не менее 93-х) рек, рукавов, протоков и каналов (общей длиной около 300 км, в том числе около 20 искусственных каналов общей протяжённостью свыше 160 км).
За время существования Санкт-Петербурга гидрологическая сеть города претерпела существенные изменения. Строительство города в низком болотистом месте потребовало сооружения каналов и прудов для осушения. Вынутая при этом земля использовалась для повышения поверхности.
В конце XIX века дельта Невы состояла из 48 рек и каналов, образующих 101 остров. С течением времени (по мере строительства города) многие водоёмы теряли своё первоначальное значение, загрязнялись и засыпались. В XX веке в результате засыпки каналов, протоков и рукавов число островов сократилось до 42.